微波可用于对保健食品进行杀菌、干燥、加热、灭酶、杀虫等。在保健食品加工过程中使用微波杀菌设备，具有多方面的优点：

1、有利于环保。目前，仍有不少中小企业使用燃煤方式取得热源，以对保健食品加热和杀菌，这会产生较多的烟尘和废渣、污染环境。而使用微波杀菌设备，没有烟尘等有害物质的排放，故有利于环保。

2、可很好保存食品原有的良好风味。由于微波具有穿透性和加热快速的特点，对保健食品干燥的时间仅为常规干燥的十至几十分之一，因此，产品中的许多挥发性物质的损失较小，天然色素受破坏的程度也较小。

3、微波杀菌设备可有效保存保健食品的良好色泽。有些保健食品中的酶会促使某些成分和氧气发生反应，使保健食品的颜色变深而不美观;而微波具有灭酶作用，能阻止酶促褐变的发生，从而较好地保持食品的美好色泽。

4、能有效保存保健食品中的营养成分。微波加热具有速度快、时间短的特点，对保健食品中的一些热敏性物质如维生素、不饱和脂肪酸、抗氧化物等营养保健成分的破坏程度较小。

5、微波杀菌设备可有效节约能源。保健食品企业规模化使用微波设备对保健食品进行干燥和杀菌，可比常规干燥法节约60%的能源，能降低保健食品的生产成本、提高产品的竞争力。

6、有利于保健食品卫生质量的保障。微波具有穿透性，对细菌等微生物具有很强的杀灭能力，可有效提高食品的卫生质量。

7、微波杀菌设备可促进保健食品的出口。有些出口型保健食品企业用辐照方式对产品进行杀菌，虽然能够取得较好的杀菌效果，但由于产品中含有辐照残留物质，这些保健食品不能顺利出口或被明令禁止进入某些国家。而使用微波杀菌，不存在辐照残留问题，可促进保健食品的出口。