使用微波设备杀青时，先检查设备是否完好，在确认设备正常的情况下才能进行杀青作业。开机时先开启输送带，检查输送带有无跑偏现象，调整好输送带的运行状态。保证输送带上有茶叶才能开启微波。一般在开启微波前，应先在输送带上铺放茶叶，并让茶叶进入整个箱体内；也可以先用几块湿毛巾铺放在输送带上，并送入整个箱体，然后开启微波。输送带上铺放茶叶要均匀，避免堆积过厚或有空洞现象。杀青时开启排湿风机。微波杀青时间以2-6分钟左右为适度，具体因茶叶而异。
微波杀青设备在使用时应注意安全。正常情况下当开启微波箱体门时，微波设会自动切断微波。但应防止在工作过程中开启炉门，以防自动保护装置失效而产生的微波泄露。投叶时不要将金属物混到茶叶中，防止金属物在微波加热条件下打火，严重时甚至会击穿箱体。制茶企业一般有粉尘，应避免粉尘粘到微波配件上，在不加工期间应采取覆盖措施，防止灰尘污染，另外需要注意卫生，及时打扫。